Školitel: Mgr. Jan Bouchal, Ph.D. (Ústav klinické a molekulární patologie)
bakalářská/diplomová:
- Polymorfismus HSD3B1s ohledem na rezistenci k androgen deprivační terapii karcinomu prostaty (Polymorphism of HSD3B1 and resistance to androgen-deprivation therapy in prostate cancer)
- Laserová mikrodisekce a analýza vybraných buněčných typů karcinomu prostaty (Laser microdissection and analysis of selected cell types of prostate cancer)
Školitel: Mgr. Karel Doležal, Dr. DSc., Mgr. Jan Holub (Jan Holub s.r.o.)
bakalářská/diplomová:
- Role cytokininů při mikropropagaci maliníku – obsazeno
- Protinádorová aktivita cytokininových ribozidů – obsazeno
- Optimalizace struktury protinádorových cytokininů s cílem modulovat jejich mechanismus účinku a farmakokinetické vlastnosti – obsazeno
Náplň: Syntéza, testy toxicity na nádorových a primárních buňkách. Hodnocení vlivu na bioenergetiku buňky a buněčnou smrt. (Studium metabolizace). Analýza vztahu mezi strukturou a účinkem.
Školitel: Doc. RNDr. Martin Fellner, Ph.D.
bakalářská:
- Úloha fytochromů v regulaci iontových kanálů v procesu klíčení semen (Role of phytochromes in regulation of anion channels in the proces of seed germination)
- Úloha fototropinů a kryptochromů v klíčení semen prostřednictvím regulace aniontových kanálů (Role of phototropis and cryptochromes in seed germination via regulation of anion channels)
- Fytochromy a jejich úloha v regulaci aquaporinů v průběhu klíčení semen (Phytochromes and their role in regulation of aquaporins during seed germination)
- DIDS-sensitivní aniontové kanály a jejich úloha ve fotomorfogenezi rostlin (DIDS-sensitive anion channels and their role in plant photomorphogenesis)
- NIF-sensitivní aniontové kanály a jejich úloha ve fotomorfogenezi rostlin (NIF-sensitive anion channels and their role in plant photomorphogenesis)
dimplomová:
- Světlem regulovaná exprese genů CLC a jejich úloha ve fotomorfogenezi rostlin (Light-regulated expression of CLC genes and their role in plant photomorphogenesis)
Školitel: Mgr. Jiří Grúz, Ph.D.
bakalářská/diplomová:
- Enzymatická transformace rostlinných produktů – zdroj potravinovách bioaditiv – obsazeno
- Vyhledávání Nrf2 aktivátorů v přírodních produktech pomocí necílené
hmotnostní spektrometrie – obsazeno - Nové dereplikační postupy pro vyhledávání biologicky aktivních metabolitů – obsazeno
- Studium biosyntézy a metabolismu benzoových kyselin v rostlinách pomocí izotopově značených prekurzorů – obsazeno
- Efekt endosymbiotických bakterií na chemotyp Arabidopsis thaliana – obsazeno
Školitel: Mgr. Jan Holub (Jan Holub s.r.o.)
bakalářská/diplomová:
- Vývoj protokolů množení okrasných a ovocných rostlin (angrešt, rybíz, moruše) a jejich zavedení do praxe
Pouze pro vážné zájemce se smyslem pro pečlivost a pořádek. Mikropropagace (tkáňové kultury) rostlin ve spolupráci se školkou okrasných rostlin www.janholub.cz
Školitel: RNDr. Martin Kubeš, Ph.D.
bakalářská/diplomová:
- Metabolické profilování auxinů a cytokininů na subbuněčné úrovni (Metabolic profiling of auxins and cytokinins on subcellular level)
Školitel: Mgr. Rene Lenobel, Ph.D. (Centrum regionu Haná)
Vhodné i pro studenty nižších ročníků – lepší seznámení se základními technikami práce v laboratoři a následně při proteomické analýze proteinů.
bakalářská/diplomová:
- Kvantifikace proteinů pomocí reduktivní dimethylace peptidů a MALDI-TOF MS analyzátoru
- Štěpení proteinů v gelu a v roztoku
- Řízená chemická modifikace peptidů pomocí reduktivní dimethylace – porovnání možností detekce dvojitého a trojitého značení pomocí izotopově značených reagentů
- Čistění modifikovaných peptidů na reverzní fázi – StageTIP metodika – testování eluce CHCA matricí.
- MALDI-TOF analýza dimethylovaných peptidů
- Porovnání výsledků získaných pomocí MALDI-MS analýzy s výsledky získanými LC-MS a LC-MSMS analyzátorem. Definice použitelného rozsahu kalibračních závislostí pro MALDI-MS ionizaci
- Využití získaných znalostí ke kvantitativní analýze vybraného proteinu po ovlivnění různými fyzikálně-chemickými postupy
- Kvantifikace proteinů pomocí reduktivní dimethylace peptidů a různých typů technik LC-MS/MS
- Štěpení proteinů v gelu a v roztoku
- Řízená chemická modifikace peptidů pomocí reduktivní dimethylace – porovnání možností detekce dvojitého a trojitého značení pomocí izotopově značených reagentů
- Čistění modifikovaných peptidů na reverzní fázi – StageTIP metodika
- LC-MS, LC-MSMS a LC-MSMS (PRM, SRM) analýza dimethylovaných peptidů
- Porovnání výsledků získaných pomocí jednotlivých technik s hlediska použití pro čisté proteiny, jednoduché směsi, komplexní vzorky. Definice použitelného rozsahu kalibračních závislostí pro vybranou metodiku
- Využití získaných znalostí ke kvantitativní analýze vybraného proteinu nebo více proteinů po ovlivnění různými fyzikálně-chemickými postupy
dimplomová:
- Studium tepelné stability proteinů pomocí kvantitativní proteomiky
Školitel: Mgr. Ondřej Novák, Ph.D.
bakalářská/diplomová:
- Imunomagnetická separace buněčných kompartmentů – obsazeno
(nejlépe zájemce z 1. ročníku)
Školitel: Mgr. Jana Oklešťková, PhD.
bakalářská/diplomová:
- Imunomagnetická separace fytohormonů – obsazeno
(nejlépe zájemce z 1. ročníku)
Školitel: Mgr. Aleš Pěnčík, PhD.
bakalářská/diplomová:
- Vývoj analytické metody pro stanovení methylesteru kyseliny indol-3-(yl)-octové (MeIAA) v Arabidopsis thaliana
Školitel: Mgr. Lucie Plíhalová, PhD.
bakalářská/diplomová:
- Cukerné heterocyklické deriváty uplatnitelné v kosmetice a biotechnologiích – obsazeno
- Design nových adeninových konjugátů s protektivními vlastnostmi pro kosmetické aplikace – obsazeno
diplomová:
- Příprava substituovaných derivátů purinu pro využití v rostlinných biotechnologiích – obsazeno
- Příprava heterocyklických derivátů s antisenescenčními účinky – obsazeno
Školitel: Mgr. Tomáš Vlčko
bakalářská/diplomová:
- Aktivita heterologního proteinu v zrnu transgenního ječmene v závislosti na době skladování a skladovacích podmínkách
Školitel: Mgr. Jiří Voller, Ph.D.
diplomová:
- Vyhledávání nových látek pro terapii onemocnění spojených s chybami v sestřihu pre-mRNA pomocí PCR a automatické mikroskopie
- Příprava vektorů pro screening modulátorů patologického sestřihu pomocí PCR a automatické mikroskopie
- Vyhledávání nových látek pro terapii progerie Huchinson-Gilford
- Využití modelového organismu Caenorhabditis elegans ve vyhledávání léčiv
- Studium mechanismu odolnosti želvušek vůči stresu
Školitel: Dr. Asta Žukauskaitė, Ph.D.
bakalářská/diplomová:
- Syntéza a biologická aktivita nových derivátů auxinů (Synthesis and biological activity of new auxin derivatives)
- Syntéza a biologická aktivita nových derivátů kyseliny abscisové (Synthesis and biological activity of new abscisic acid derivatives)