Cvičení z proteomiky (LRR / CVPRO)

Cíle předmětu (anotace):
Praktické zvládnutí vybraných metod používaných v proteomice.
Požadavky na studenta
100% účast, dokončení experimentů
Obsah
1. Extrakce rozpustné frakce proteinů z biologického materiálu. 1D nebo 2D elektroforéza. Barvení gelu Commassi Briliant Blue.2. Izolace proteinových spotů z gelu. Štěpení vybraných proteinů pomocí trypsinu popřípadě i jiných enzymů (např. chymotrypsin) v gelu („In-gel digestion“). Extrakce naštípaných peptidů z gelu.3. Příprava extraktů pro analýzu LC-MS. LC-MS analýza extrahovaných peptidů, zpracování MS dat pomocí softwaru Mascot Distiller a identifikace proteinu pomocí veřejně přístupné datatáze MASCOT.
Aktivity
Garanti a vyučující
Literatura
  • Doporučená: Keough T., Youngquist R. S., Lacey M. P. A method for high-sensitivity peptide sequencing using postsource decay matrix-assisted laser desorption ionization mass spektrometry. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 7131-7136, 1999.
  • Doporučená: Pingoud A., Urbanke C., Hoggett J., Jeltsch A. Biochemical methods: A concise guide for students and researchers. Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim, Germany, 2002.
  • Doporučená: Keough T., Lacey M. P., Youngquist R. S. Derivatization procedures to facilitate de novo sequencing of lysine-terminated tryptic peptides using postsource decay matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry, Rapid Communication. Mass Spectrom. 14, 2348-2356, 2000.
  • Doporučená: Marekov L. N., Steinert P. M. Charge derivatization by 4-sulfophenyl isothiocyanate enhances peptide sequencing by post-source decay matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. J. Mass Spectrom. 38, 373-377, 2003.
  • Doporučená: Wang D., Kalb S. R., Cotter R. J. Improved procedures for N-terminal sulfonation of peptides for matrix-assisted laser desorption/ionization post-source decay peptide sequencing, Rapid Communication. Mass Spectrom. 18, 96-102, 2004.
  • Doporučená: Winter M., Sherman N. E. Protein sequencing and identification using tandem mass spectrometry. John Wiley & Sons, Inc., New York, NY, USA, 2000. ISBN 0471322490.
  • Doporučená: Westermeier, R., Naven, T. Proteomics in practice. A laboratory manual of proteome analysis.. Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2002. ISBN 3-527-30354-5.
  • On-line katalogy knihoven
Časová náročnost

Aktivity

Časová náročnost aktivity [h]

Domácí příprava na výuku

 1
Účast na výuce

20
Celkem

21

Předpoklady – další informace k podmíněnosti studia předmětu
Základní zkušenosti s prací v laboratoři, absolvování přednášek z proteomiky.
Získané způsobilosti
Po absolvování kurzu by student měl být schopen: – aplikovat použití základních proteomických metod v analýze proteinů – analyzovat získané výsledky (identifikace proteinů, určení molekulové hmotnosti, studium post-translačních modifikací proteinů a další) – zpracovat protokolu o provedené práci a diskutovat získané výsledky
Vyučovací metody
  • Laborování
Hodnotící metody
  • Písemná zkouška