Experimentální biologie – okruhy ke státní zkoušce (Bc.)

  1. Co jsou to karcinogeny, jak je dělíme, uveďte konkrétní příklady, způsoby testování mutagenity
  2. Definujte pojem karcinogeneze, klonalita, onkogen a nádorový supresor
  3. Buněčný cyklus a metody jeho studia
  4. Buněčná smrt, klasifikace a metody detekce
  5. Hlavní znaky nádorové buňky, klasifikace, příklady molekulárního mechanismu
  6. PCR, princip a využití metody, PCR v reálném čase, reverzní transkripce
  7. Fluorescenční sondy pro qPCR, absolutní a relativní kvantifikace
  8. Hybridizace nukleových kyselin, metody a jejich využití
  9. Metody detekce mutací DNA – (RFLP, ASO, OLA, DHPLC, PPT, MLPA, HRM)
  10. Metody detekce mutací DNA – sekvenační metody
  11. Elektroforetická separace nukleových kyselin, klasifikace, detekce, využití
  12. Metody izolace nukleových kyselin (DNA, RNA), čistota
  13. Biologický materiál v biomedicíně (typy, způsob odběru a zpracování, biobanky)
  14. Experimentální modely v biomedicíně, in vitro a in vivo, buněčné modely a modelové organismy, transgenní organismy
  15. Příprava buněk a tkání před aplikací protilátek; fixace buňky / tkáně, imunochemické a imunofluorescenční vizualizace
  16. Proteomika, definice, obecný postup proteomické analýzy včetně využití hmotnostní spektrometrie
  17. Zpracování vzorku pro analýzu proteinů (izolace, ochrana, přečištění)
  18. Metody stanovení koncentrace proteinů (Bradford, Lowry, BCA, UV)
  19. Elektroforetická separace proteinů a následné analýzy
  20. Imunoglobulin, monoklonální a polyklonální protilátky, laboratorní metody využívající protilátky.
  21. Příprava monoklonálních protilátek
  22. Klonování nukleových kyselin, restrikční nukleázy a další enzymy pro manipulaci s DNA/RNA.
  23. Metody přenosu genetické informace do prokaryotických a eukaryotických buněk Transformace, transfekce, elektroporace, virové vektory
  24. Struktura a stabilita proteinů (CD, termodenaturace), určování struktury (X-ray, NMR, cryo-EM).
  25. Podstata interakce proteinů s jinými molekulami a metody studia: imunoprecipitace+ChIP, EMSA
  26. Interakce proteinů s jinými molekulami: FRET, fluorescenční polarizace, isotermální titrační kalorimetrie, Thermal shift assay, SPR
  27. Obecný postup při vývoji nových léčiv (molekulární cíl, screening, hit, optimalizace Lead compound, Lipinského pravidla, farmakokinetika, ADME), Klinické studie